然而，作为户主，你应当还要考虑运行空调系统的开支。因此，在选择的过程中，能源消耗应当考虑。由于空调系统的最终成本需要多方面的考虑，因此，低投资而低效益的空调系统最终会导致更高的开支。另一方面，一个高投资的系统可以有长远的更好的经济效益。例如，窗机和壁挂机由于只有小范围的运行容量而效益低下。因此，无论在什么时候你打开窗机或壁挂机，它都不能使运行容量与你的需要相匹配，结果由于供过于求而浪费能源。再一方面，好几种类型的中央空调系统（如直接膨胀多联系统）不仅节能而且在短短的几年内就能回收投资。
决定空调系统最终成本的另外一个重要因素是它的维护费用。尽管中央空调系统需要更高专业化的维修和保养，但它更加可靠而且不需要像其他空调系统那样频繁取代。因此，中央空调系统具有较短投资回收期，同时尽管短期的初投资很高，但从长远看它有很好的经济效益。此外，对于整个住宅来说，由于只需维护单台机（而不是多台），单个户外机能够提供集中控制和维护，这将更加方便并降低维护费用。
